2016 foi um ano com motivos para se comemorar no Santos. Apesar do baixo investimento e de problemas que surgiram no decorrer da temporada como seguidas lesões de alguns jogadores, o Peixe conseguiu dar a volta por cima, e com a mescla de jogadores experientes e 'meninos da Vila', além da permanência de Dorival Júnior no comando da equipe terminou o ano em alta.

O clube começou a temporada com o pé direito. No Campeonato Paulista, a equipe alvinegra foi muito bem na fase de grupos, perdendo apenas uma partida e terminando em primeiro. Nas fases eliminatórias, bateu o São Bento nas quartas e o ríval Palmeiras nos pênaltis na semifinal para chegar em sua oitava final seguida.

Na grande final, o time da Vila Belmiro visitou o Audax no jogo de ida que acabou empatado em 1 a 1. No jogo de volta, a surpresa da competição, que assustou os grandes de São Paulo parou no Peixe, e a estrela de artilheiro de Ricardo Oliveira brilhou mais uma vez, com o atacante fazendo o golaço do 22º título do clube do litoral.

Fora da Libertadores e após a conquista do Paulistão, o Santos concentrou as suas atenções no Campeonato Brasileiro, mas dentro de campo, alternou bons e maus resultados nas primeiras rodadas, figurando na parte intermediária da tabela.

Durante todo o Brasileirão, o Peixe só ficou na liderança por uma rodada - na 18ª - quando empatou sem gols com o Flamengo, no entanto, no jogo seguinte, vacilou diante do América-MG, e além de perder os três pontos, perdeu também a liderança. Algumas derrotas entre a 21ª e 24ª rodada atrapalharam a equipe alvinegra na briga pelas primeiras posição.

No meio da temporada, Gabigol foi vendido para a Inter de Milão e se despediu do Peixe. Com a saída do jogador, Copete foi ganhando espaço aos poucos e se tornou fundamental na reta final com seus gols e boas atuações.

Na Copa do Brasil, o Santos, que chegou à final em 2015, não repetiu o feito nesta temporada, e se despediu precocemente nas quartas de final. No jogo de ida, o Alvinegro venceu por 2 a 1, mas no Beira Rio perdeu por 2 a 1, encerrando a sua participação na competição.

Eliminado da Copa do Brasil, o time de Dorival Júnior voltou novamente as suas atenções para o Brasileirão e conseguiu manter uma certa regularidade na reta final. Apesar da derrota para o Flamengo na 37ª rodada, a vitória sobre o América-MG, combinada com a derrota dos cariocas no encerramento da competição, garantiu o vice ao Peixe.

Classificação do Santos rodada a rodada do Brasileirão:

A oscilação do time, além das lesões de seus principais jogadores, foram os principais fatores que interferiram na campanha do Santos no Brasileirão. No entanto, apesar dos problemas enfrentados durante a disputa do Brasileirão, o Santos terminou em segundo, sua melhor colocação dos últimos dez anos, além da tão desejada vaga na próxima Libertadores.

A permanência de Dorival foi muito importante para o clube em toda a temporada. Conhecendo as principais dificuldades e também muito bem o elenco, o treinador conseguiu equilibrar veteranos e jovens jogadores, o que possibilitou os feitos dos Santos na temporada.